Tanım: Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2), 2019 yılında koronavirüs hastalığına (COVID-19) neden olan pozitif, tek sarmallı bir RNA virüsüdür.
Virüs, 2019 yılının Aralık ayında Çin’in Vuhan kentinde zatürre salgını sırasında zatürre olan bir hastada, pozitif bir örnek üzerinde yapılan nükleik asit testinden sonra genomik olarak dizildi.
Vuhan'da ortaya çıkan virüs tanımlandığı ilk dönemlerde çıkış yerine izafeten Vuhan koronavirüsü adıyla anılmaya başlandı. 2003'te benzer bir salgına sebep olan SARS koronavirüsünün yeni bir türü olduğu tespit edildiğindeyse 2019 yeni koronavirüsü olarak adlandırılarak 2019-nCoV kısaltması kullanılmaya başlandı.
Dünya Sağlık Örgütü virüsün resmî adını şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüsü 2 ve kısaltmasını ise SARS-CoV-2 olarak belirledi.
Biyolojik etkisi: Klinik hastalığın mortalitesi hakkında çok şey bilinmesine rağmen, patobiyolojisi hakkında çok daha az şey bilinmektedir.
Klinik bilgi: Coronavirus hastalığı 2019 (COVID-19) önemli bir sağlık sorunudur ve özellikle yaşlılar için yıkıcı olabilir. COVID-19, SARS-CoV-2 virüsünün neden olduğu hastalıktır. Klinik hastalığın mortalitesi hakkında çok şey bilinmesine rağmen, patobiyolojisi hakkında çok daha az şey bilinmektedir.
SARS-CoV-2 iletimi öncelikle solunum damlacıkları yoluyla gerçekleşir. İnsandan insana öksürük gibi hava yolu ve yakın temas ile yayıldığı kanıtlanmıştır. Örneğin enfekte biriyle 2 metreden daha kısa mesafede karşılıklı konuşma veya enfekte birinin nefesi veya tükürüğünün bulaştığı bir eşyaya ( masa, marketten alınan poşet, kağıt veya metal para, vb) dokunup ellerimizi sabunlu su işle yıkamadan burnumuza, ağzımıza ve/veya gözümüze sürdüğümüz zaman enfekte olma (hastalanma) riskimiz vardır.
Çünkü, vücudunda virüs olan insanların öksürme, hapşırma veya konuşma sırasında ağızlarından çıkan damlacıkların içerisinde virüs bulunmaktadır ve bu virüs bulunan damlacıklar başkaları tarafından solunduğunda başka insanların vücuduna virüs geçmektedir.
Bu damlacıklar 5 mikrometre boyutunda damlacıklar olabilmektedir. Gözle göremeyeceğimiz bu damlacıklar sık kullanılan ortamlarda dokunulan yüzeylerde de virüslerin bulunmasına yol açabilmektedir. Virüsün farklı yüzeylerde yaşama ömrü farklıdır ve bazı yüzeylerde 80 saate kadar yaşayabilmektedir
Solunan virüs SARS-CoV-2 muhtemelen burun boşluğundaki epitel hücrelerine bağlanır ve çoğalmaya başlar. SARS-CoV ile in vitro veriler, siliyer hücrelerin iletken hava yollarında enfekte olmuş birincil hücreler olduğunu gösterir. Virüs, solunum yolları boyunca çoğalır ve aşağı doğru hareket eder ve daha sağlam bir doğal bağışıklık tepkisi tetiklenir.
İnsanları enfekte eden diğer koronavirüsler gibi SARS-CoV-2 hem üst hem de alt solunum yolu enfeksiyonuna neden olabilir. Semptomlar hem sağlıklı hem de bağışıklığı baskılanmış hastalarda hafif (yani soğuk algınlığı) ile şiddetli (yani pnömoni) arasında değişebilir. COVID-19'un erken evrelerinde semptomlar spesifik olmayabilir ve grip gibi diğer yaygın solunum yolu enfeksiyonlarına benzeyebilir. COVID-19 için kuluçka süresi 5 - 7 gün arasında değişmektedir.
Tipik olarak, COVID-19'lu bağışıklık sistemi normal olan bireyler, semptomların başlamasından yaklaşık 8 ila 11 gün sonra SARS-CoV-2'ye karşı saptanabilir IgG sınıfı antikorlar geliştirir. Bu süreden önce test edilen hastaların serumlarında SARS-CoV-2 IgG antikorları henüz oluşmadığından test sonucu negatif olabilir (yalancı negatif). Akut dönemde burundan alınan numunelerde SARS-CoV-2 RNA’sı saptanabilir.
Viral yük düşük olsa da, bu bireyler bulaştırıcıdır. Viral RNA için RT-PCR değeri, viral yükü ve müteakip enfektiviteyi ve klinik seyri tahmin etmek için yararlı olabilir.
En çok bulunduğu doku: COVID-19 virüsü solunum sisteminde, bu virüse karşı oluşan antikorlalar kan dolaşımında bulunur Laboratuvar İşlemi:
Hastanın hazırlanması: Özel bir hazırlık gerekmez
Sonuç verme zamanı: 1-3 gün
Numune türü: Serum
Numune kabı: Kırmızı kapaklı veya sarı kapaklı tüp
Numune miktarı: 0.6 mL
Numune alımı ve analize hazırlanması: Numune tüpü üstündeki barkodun hastaya ait olup olmadığı kontrol edilir Kırmızı kapaklı veya sarı kapaklı tüpe alınan kan numunesi oda ısısında 20 dakika bekletilerek kanın pıhtılaşası sağlanır, 2000 rpm’de 10 dakika santrifüj edilerek serum ayrılır, kapaklı plastik bir tüpe konularak çalışılıncaya kadar buzdolabında bekletilir.
Numunenin dayanıklılığı:
|
Numune türü |
Isı |
Zaman |
|
Serum |
Buzdolabı [(+2- (+8 0C)] |
14 gün |
|
Derin dondurucu ( ̶ 20 0C) |
30 gün |
|
|
Tekrar tekrar dondurup çözmek molekülün denatürasyonuna neden olabilir, bu nedenle tekrar tekrar dondurup çözmekten kaçınılmalıdır. |
||
Transport koşulları: Çalışılması için başka laboratuvara gönderilecekse soğuk zincir koşullarında [(+2- (+8 0C)] gönderilmelidir. Hastanın kimlik bilgileri, aile hikayesi ve temasta olduğu kişilerin kaydedildiği standart form doldurularak numune ile birlikte gönderilmelidir.
Numune ret kriterleri: Hemoliz, lipemi, ikter, sıcakta bekletilen numuneler
Çalışma yöntemi: ELISA
Referans aralığı: Negatif (Bütün yaş grupları için geçerlidir)
Klinik Kullanımı: Coronavirüs hastalığı 2019(COVİD-19) tanısında kullanılır. Bununla birlikte, semptomlar başladıktan hemen sonra başvuran semptomatik hastalarda SARS-CoV-2’ye karşı henüz IgG antikorları oluşmadığından akut COVİD-19 enfeksiyonun tanısında bu test kullanılmamalıdır. Test sadece semptom başlangıcından en az 10 gün sonra veya COVID-19 doğrulanmış kişilere maruz kaldıktan sonra önerilir.
Negatif bir sonuç şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'ye (SARS-CoV-2) karşı IgG antikorunun saptanamadığını gösterir, ancak enfeksiyonun olmadığı anlamına gelmez. Çünkü, semptomlar başladıktan hemen sonra alınan serumda, bağışıklığı baskılanmış hastalarda veya daha önce hafif hastalığı olan bazı bireylerde yalancı negatif sonuçlar elde edilebilir.
Tipik olarak, hastaların çoğunda semptomlar başladıktan 8 ila 11 gün sonra serumlarında IgG saptanabilir seviyede olur; bu zamandan önce toplanan ve test edilen örnekler negatif olabilir.
Kesin serolojik durumu belirlemek için 7 -10 gün içinde yeni bir numunede test tekrar edilmelidir veya akut koronavirüs hastalığı 2019 (COVID-19) olduğundan şüphelenilen semptomatik hastalarda SARS-CoV-2 RNA'sını tespit etmek için moleküler bir test kullanılarak tanı konulmalıdır.
Pozitif bir sonuç hastanın serumunda SARS-CoV-2 IgG antikorlarının olduğunu gösterir, ancak SARS-CoV-2 enfeksiyonun çok önceden mi, yoksa yakın zamanda mı geçirildiğini ayırt etmez. Ayrıca, nadiren, ‘yanlış pozitif’ sonuçlar diğer insan koronavirüsleri ile önceki enfeksiyondan kaynaklanabilir.
Bu nedenle, sadece SARS-CoV-2 IgG test sonucuna dayanarak tanı konulamaz, epidemiyolojik risk faktörleri ve diğer klinik ve laboratuvar bulguları ile korelasyon önerilir. Hala SARS-CoV-2 enfeksiyonu kuşkusu devam ediyorsa kesin tanı için moleküler test önerilmektedir.
Yanlış sonuç çıkması nedenleri: Enfeksiyondan hemen sonra toplanan serumda, bağışıklığı baskılanmış hastalarda veya daha önce hafif hastalığı olan bazı bireylerde ‘yalancı negatif’ sonuçlar ortaya çıkabilir. Nadiren, ‘yalancı pozitif’ sonuçlar diğer insan koronavirüsleri ile çapraz reaksiyonlar nedeniyle veya önceki enfeksiyondan kaynaklanabilir.
Dr. Sadık Top
Biyokimya Uzmanı
Van Lokman Hekim Hayat Hastanesi
